دبيرخانه شورا در سازمان بازرسي كل كشور مستقر بوده و رئيس سازمان بازرسي كل كشور به عنوان دبير، مسؤوليت پيگيري مصوبات شورا و انجام امور دبيرخانه شورا را بر عهده دارد.